موضوع: جوهریت نفس نباتی
بحث در جوهریت نفس است بطور کلی و مطلق، اعم از نفس نباتی و حیوانی و انسانی بود .برهانی اقامه شد بر اثبات جوهریت نفس حیوان و اکنون در باره جوهریت نفس نباتی بحث می شود و در این باب چند مقدمه بیان می شود:
مقدمه نخست- همان طور که از اسم نبات پیدا است نبات بودن آن به رشد و نمو بستگی دارد و اگر نمو را از آن بگیرند دیگر نباتی باقی نمی ماند پس نمو ذاتی نبات است.
مقدمه دوم- نبات یک نوع از جسم است.
نتیجه- نمو ذاتی جسم است بنابرین بایستی سراغ مبدائیت نبات را در محدوده ذات جسم نباتی بگیریم و باید مبدا را در حریم ذات جسم نبات جستجو کنیم حال ذات نبات را بررسی می کنیم؛ ذات جسم نبات تشکیل شده است از هیولای اولی و و صورت جسمیه. آیا مبدا نمو در جسم نبات کدام است؟ هیچ کدام چون این دو در همه اجسام مشترک است و اگر مبدا نمو در اجسام نباتی هیولی و صورت جسمیه باشد بایستی همه اجسام نمو داشته باشد اما جمادات رشد و نمو ندارند پس در حریم ذات جسم نبات باید شیئ دیگری مبدا نمو در نبات باشد و آن صورت نوعیه نباتیه می گویند و نام دیگر آن نفس است که مبدا رشد و نمو و تغذیه در نبات است.
حال این نفس نباتی می تواند جوهر نباشد؟ خیر چون صورت نوعیه فصل است و حاجی سبزواری می فرماید: «انّ الفصول صور النوعیة» و نسبت فصل به جنس، مقسمیّت و محصلیّت است یعنی فصل باعث وجود جنس می شود و نوع را تحصیل می کند.
نسبتی که صورت نوعیه با ماده دارد این است که این دو باهم صورت جسمیه می شود و آن نیز همان ماده ثانیه می باشد هیولا و ماده بدون صورت وجود نمی یابد. بازهم نسبت محصلیت است یعنی صورت نوعیه ماده ثانیه را بوجود می آورد و بدون صورت نوعیه ماده وجود پیدا نمی کند و همین صورت نوعیه مبدا آثاری چون نمو و تغذیه می باشد حال جنس که جسم مطلق  و لابشرط باشد جوهر است جنسی که وجودش الهام دارد به تعبیر ملاصدرا « والجنس مغمورٌ بکل الاوعیه » جنس وجودش فانی در وجود انواع است حال یک چنین جنس مبهم الوجودی باید جوهر باشد و صورت نباتی و نوعیه که مقسّم و منوّع آن است و نوع ساز نمی تواند جوهر نباشدیا ماده جوهر استت و صورت نوعیه که محصّل آن است نمی تواند جوهر نباشد و یا صورت نوعیه ای که مفید آثاری از قبیل نمو و تغذیه است و ماده قابل این آثار است ماده که جوهر است پس صورت نوعیه که  قبول آثار می کند نمی تواند جوهر نباشدبلکه ب طریق اولی جوهر است لذا ملاصدرا در جلد 5 که بحث جوهر در آن مطرح شده است، یک قاعده عرشیه بیان می کند که از جمله ابتکارات اوست:
قاعدة عرشیة
اگر یک جزء معلوم الجوهریه باشد و یک جزء مانند هیولای اولی و ماده و جسم جوهر بودنشان معلوم است جزء دیگر که صورت نوعیه و فصل است حال بنگر مرتبه کدام بالاتر است؟ و نقش موثرتری در آن مرکب ایفا می کند؟ اگر آن جزء در جنس، هیولای اولی باشد و نقش کمتری را ایفا کند مانند ماده که نقش کمتری در صورت نوعیه دارد، به طریق اولی جوهر است .
باب دوم
فصل اول
دو بحث در این باب مطرح می گردد؛
1- جوهریت نفس حیوانی
2- تجرد مثالی و برزخی و نفس حیوانی
هر چند  که جوهریت نفس در بخش قبلی ثابت شد اما در این باب از برای توضیح بیشتر در فصل اول از 6 فصل این باب مربوط به همین بحث می باشد.
بعضی گمان کردند که نفس همان مزاج است و جوهر نیست. ملا صدرا با برهان اثبات می کند که نفس مزاج نیست.
در طبیعیات شرح منظومه حکمت حاجی سبزواری مزاج را این گونه تعریف کرده است: مزاج کیفیتی است که عناصر اربعه در جسم مرکب تام (موالید ثلاث؛ معدن و نبات و حیوان) اختلاط پیدا می کند و از آن پدید می آید مزاج کیفیتی متاشبه بین عناصر و متوسط بین عناصر می باشد؛ یبوست در خاک و رطوبت در آب و برودت در هوا و حرارت آتش، یعنی نسبت به حرارت 100% برودت و نسبت برودت 100% حرارت است و هکذا بقیه کیفیات اربع...
حال اختلافی است بین شیخ الرییس ابن سینا و ملا صدرا که ، آیا اختلاط و امتزاج عناصر بازهم صور عناصر به حال خود باقی است یعنی آیا صورت آتش در حیوان و انسان باقی است؟
شیخ الرییس گوید: آری و صدرا آن را نفی می کند و قبول ندارد و گوید همه به یک صورت می باشد ملا صدرا در اواخر بحث جواهر کتاب اسفار این سخن را گفته است.
به هر حال بنا به هر نظری باید صورتی باشد تا مزاج بر آن تکیه کند و آن صورت بایستی جوهر باشد. شیخ می فرماید: این چهار عنصر باقی می ماند تا یک ماده مرکب تشکیل دهد و نفس آن تعلق گیرد. اما ملا صدرا می فرماید: یک عنصر فرد و واحد وجود می یابد که نفس به آن تعلق می یابد. و اکنون برهان بر این مطلب از این قرار است:
برهان نخست- حافظ شیء نمی تواند خود شیء باشد به این بیان که چه عاملی باعث شده تا این عناصر در کنار هم جمع شوند و با هم اختلاط و امتزاج کنند تا مزاج بوجود آید آب و آتش از هم فراری اند پس چطور با هم جمع می شوند؟ و امتزاج می یابند یک قوه و نیرویی باید باشد و این عناصر اربعه را به جبر کنار هم گرد آورد و نگه دارد تا مزاج محفوظ گردد و باقی بماند آن قوه باید چیزی غیر از این عناصر باشد و آن نفس است که مزاج را حفظ می کند لذا پس از مفارقت نفس از بدن  مزاج هم از بین می رود و نابود می شود حال که نفس حافظ مزاج است آیا می تواند با آن متحد و یکی باشد؟ خیر والا بایستی شیء همیشه باقی باشد اما چنین نیست و با مفرقت نفس از بدن مزاج هم از بین می رود.
نفس نه یکی از عناصر اربعه است و نه مزاج مرکب از عناصر است چون نفس آثار تک تک عناصر را ندارد.
سپس مرحوم ملا صدرا 6 شک را تحت عنوان " منها " مطرح کرده و پاسخ می دهد.